Embora poucos se lembrem, como lateral-direito, Vágner Benazzi jogou nas categorias de base da Portuguesa nos anos de 1970 e 71. Em 1973 fez parte da categoria principal do time.

Entrou para o rol dos grandes técnicos da Portuguesa ao livrar a equipe do rebaixamento para a Série C do Campeonato Brasileiro, em 2006, e classificar a equipe no ano seguinte para 1ª divisão dos campeonatos Paulista e Brasileiro.

"O torcedor da Portuguesa merecia tudo de bom que aconteceu em 2007. Um clube como a Portuguesa não pode ficar cinco anos fora da Série A do Brasileirão", falou Benazzi, em novembro de 2007, logo após confirmado o acesso do time rubro-verde.

Reassumiu o comando da Portuguesa na Série B do Campeonato Brasileiro de 2009, em substituição ao técnico René Simões,com o objetivo de levar o clube mais uma vez à elite do futebol brasileiro.

Em sua segunda passagem, Benazzi comandou a equipe em 41 partidas, com 21 vitórias, 9 empates e 11 derrotas, ou seja, um aproveitamento de 58,5%. Deixou a equipe em 15 de abril de 2010, um dia após a derrota para o Fluminense por 1 a 0, na primeira partida das oitavas-de-final da Copa do Brasil. No total, Benazzi dirigiu a Portuguesa em 158 partidas.

Benazzi foi substituído por Oswaldo Alvarez, o Vadão.